Le Crédit d’Impôt Recherche (CIR) constitue une subvention accordée aux entreprises innovantes. Son montant coute à l’État, dont la dette s’élève à plus de 3150 Md€ en 2024. L’administration fiscale engage de plus en plus de contrôles du CIR, souvent mais pas toujours, en s’appuyant sur le rapport d’un expert du Ministère chargé de la recherche qui se prononce sur dossier.

La remise en cause du CIR a souvent pour cause la difficulté pour une vérificateur fiscal, qui n’est pas un scientifique, de se prononcer sur l’état de l’art et les progrès que la R&D de l’entreprise a apporté à la connaissance technique. C’est pourquoi L’administration incite l’entreprise à déposer un dossier de rescrit fiscal pour faire valider a priori l’éligibilité des dépenses aux CIR, et recourt autant que possible à l’appréciation du Ministère de la recherche. De même demande-t-elle le dépôt d’un dossier qui décrit la R&D réalisée, ses buts poursuivis, les avancés qu’elle vise, les justificatifs de dépenses, pour instruire le rescrit ou contrôler la déclaration de CIR.

Comment sauvegarder son Crédit d’Impôt Recherche déclaré chaque année ?

Le rejet du CIR par l’administration fiscale a diverses origines : un dépôt de dossier descriptif et des justificatifs de dépenses insuffisants, une expertise sommaire du Ministère de la recherche, un précédent contrôle fiscal défavorable … les causes sont multiples.

La stratégie de défense consiste à contester avec vigueur ce qui doit l’être, et exige la crédibilité pour être efficace.

S’il y a quelques dépenses de R&D que le vérificateur déclare avec raison n’être pas éligibles au calcul du CIR, les accepter apporte une solide crédibilité à la contestation de l’essentiel des redressements, contestation sur laquelle on ne revendra plus sauf élément nouveau.

Il convient alors de tirer parti des faiblesses du contrôle, par exemple le rapport du Ministère de la recherche est signé par un scientifique, dont la compétence porte sur une autre discipline scientifique que celle dont relève la R&D de l’entreprise vérifiée, ou bien un argumentaire de l’administration imprécis ou basé sur des inexactitudes matérielles.

Il est nécessaire de constituer un dossier factuel qui répond point par point aux motifs avancés pour rejeter les dépenses du calcul du CIR. Ce dossier doit le plus souvent contenir un descriptif précis de l’activité de l’entreprise, des raisons d’être de sa R&D, le mode opératoire de sa mise en œuvre, de l’objet et de l’avancée de la recherche réalisée s’inscrivant dans la durée, d’un rapport circonstancié d’un expert du domaine précis dont relève la recherche incriminée, expert au un renom indiscutable dans l’Université ou le monde scientifique, du dépôt d’un dossier descriptif et de justificatifs de dépenses conforme aux instructions fiscales, qui peut compléter celui qui a éventuellement été déjà déposé, et de tout autre élément utile…

Après l’envoi de cette réponse écrite contestant le rejet du CIR envoyée avec ses divers documents joints, on utilise toutes les occasions ouvertes par la procédure. Tout d’abord les deux appels hiérarchiques successifs, devant le chef de brigade, puis devant l’administrateur des Finances publiques adjoint, interlocuteur départemental, qui sont autant d’occasion d’expliquer et convaincre. On s’y fait accompagner de l’entreprise et son expert. Ensuite en se faisant au besoin entendre du Comité consultatif du crédit d’impôt pour dépenses de recherche, composée d’un magistrat, d’un représentant du Ministère de la recherche, d’un autre de l’administration fiscale. Ce comité rend un avis souvent intéressant sur les redressements. Les occasions de faire valoir ses arguments ne manquent pas pour éviter d’ouvrir un contentieux.

Dans la mesure où le droit est la plupart du temps basé sur le bon sens, une fois la réalité de la recherche démontrée, il est utile de faire valoir que la loi accorde un crédit d’impôt aux entreprises qui font de la recherche, qu’il a été démontré que l’entreprise contrôlée faisait de la recherche, qu’il serait dès lors paradoxal que cette entreprise, qui fait de la recherche, ne puisse bénéficier du crédit d’impôt que la loi accorde aux entreprises qui font de la recherche.

Crédit image : Photo de Rodolfo Clix